| No. | 物种名称 | 拉丁文 | CITES级别 | 红色名录级别 | |
| 一级保护树种5种 | 1 | 银杏 | Ginkgo biloba | 极危(CR) | |
| 2 | 水杉(引种) | Metasequoia glyptostroboides | 濒危(EN) | ||
| 3 | 水松 | Glyptostrobus pensilis | 易危(VU) | ||
| 4 | 南方红豆杉 | Taxus wallichiana var. mairei | 易危(VU) | ||
| 5 | 伯乐树 | Bretschneidera sinensis | 近危(NT) | ||
| 二级保护树种17种 | 6 | 福建柏 | Fokienia hodginsii | 易危(VU) | |
| 7 | 长叶榧 | Torreya jackii | 易危(VU) | ||
| 8 | 杜仲(引种) | Eucommia ulmoides | 易危(VU) | ||
| 9 | 酸竹 | Acidosasa chinensis | 无危(LC) | ||
| 10 | 半枫荷 | Semiliquidambar cathayensis | 易危(VU) | ||
| 11 | 金钱松(引种) | Pseudolarix amabilis | 易危(VU) | ||
| 12 | 凹叶厚朴 | Magnolia officinalis subsp.biloba (Rehd. et Wils.) Cheng et Law | |||
| 13 | 厚朴 | Houpoëa officinalis | 无危(LC) | ||
| 14 | 地枫皮 | Illicium difengpi | 濒危(EN) | ||
| 15 | 闽楠 | Phoebe bournei | 易危(VU) | ||
| 16 | 浙江楠 | Phoebe chekiangensis | 易危(VU) | ||
| 17 | 山蜡梅 | Chimonanthus nitens | 无危(LC) | ||
| 18 | 蛛网萼 | Platycrater arguta | 无危(LC) | ||
| 19 | 香果树 | Emmenopterys henryi | 近危(NT) | ||
| 20 | 野核桃 | Juglans cathayensis | |||
| 21 | 毛红椿 | Toona ciliata Roem. var. pubescens (Franch.) Hand.-Mazz. | |||
| 22 | 鹅掌楸(引种) | Liriodendron chinense | 无危(LC) | ||
| 三级保护树种13种 | 23 | 沉水樟 | Cinnamomum micranthum | 易危(VU) | |
| 24 | 天竺桂 | Cinnamomum japonicum | 易危(VU) | ||
| 25 | 黄山木兰 | Magnolia cylindrica Wils. | |||
| 26 | 天目木兰 | Magnolia amoena Cheng | |||
| 27 | 银钟花 | Halesia macgregorii | 近危(NT) | ||
| 28 | 银鹃树 | Tapiscia sinensis | |||
| 29 | 青檀 | Pteroceltis tatarinowii | 无危(LC) | ||
| 30 | 石梓 | Gmelina chinensi | 无危(LC) | ||
| 31 | 青钱柳 | Cyclocarya paliurus | 无危(LC) | ||
| 32 | 白辛树 | Pterostyrax psilophyllus | 近危(NT) | ||
| 33 | 云锦杜鹃 | Rhododendron fortunei | 无危(LC) | ||
| 34 | 闹羊花 | FLOS RHODODENDRI MOLLIS | |||
| 35 | 少叶黄杞 | Engelhardtia fenzlii Merr. | |||
| 喜树 | Camptotheca acuminata | 无危(LC) | |||
| 江南油杉 | Keteleeria fortunei var. cyclolepis | 无危(LC) | |||
| 红豆树 | Ormosia hosiei | 濒危(EN) | |||
| 苦槠 | Castanopsis sclerophylla (Lindl.)Schott. | ||||
| 栲树 | Castanopsis fargesii Franch. | ||||
| 石栎 | Lithocarpus glaber (Thunb.) Nakai | ||||
| 青冈栎 | Cyclobalanopsis glauca(Thunb.) Oerst. | ||||
| 杭州榆 | Ulmus changii var. changii | 无危(LC) | |||
| 糙叶树 | Aphananthe aspera | 无危(LC) | |||
| 细柄阿丁枫 | Altingia gracilipes Hemsl. | ||||
| 甜槠 | Castanopsis eyrei 甜槠栲 | 无危(LC) | |||
| 罗浮栲 | Castanopsis fabri | 无危(LC) | |||
| 木荷 | Schima superba | 无危(LC) | |||
| 米槠 | Castanopsis carlesii var. spinulosa 短刺米槠 | 无危(LC) | |||
| 钩栗 | Castanopsis tibetana Hance | ||||
| 绵槠 | Lithocarpus henryi | 无危(LC) | |||
| 云山青冈 | Cyclobalanopsis sessilifolia | 无危(LC) | |||
| 红楠 | Machilus thunbergii | 无危(LC) | |||
| 国家一级保护动物有5种 | 36 | 黑鹳 | Ciconia nigra | 附录二 | 易危(VU) |
| 37 | 中华秋沙鸭 | Mergus squamatus | 濒危(EN) | ||
| 38 | 黄腹角雉 | Tragopan caboti | 附录一 | 濒危(EN) | |
| 39 | 白颈长尾雉 | Syrmaticus ellioti | 附录一 | 易危(VU) | |
| 40 | 蟒 | Python molurus molurus | 附录一 | 极危(CR) | |
| 国家二级保护动物51种 | 41 | 弥猴 | Macaca mulatta | ||
| 42 | 穿山甲 | Manis pentadactyla | 附录一 | 极危(CR) | |
| 43 | 黑熊 | Ursus thibetanus | 附录一 | 易危(VU) | |
| 44 | 水獭 | Lutra lutra | 附录一 | 濒危(EN) | |
| 45 | 灵猫 | Viverridae灵猫科 | 附录三 | 易危(VU) | |
| 46 | 金猫 | Pardofelis temminckii | 附录一 | 极危(CR) | |
| 47 | 苏门羚 | Capricornis sumatraensis | 附录一 | ||
| 48 | 角鸊鷉 | Podiceps auritus | 近危(NT) | ||
| 49 | 黄嘴白鹭 | Egretta eulophotes | 易危(VU) | ||
| 50 | 海南虎斑鳽 | Gorsachius magnificus | 濒危(EN) | ||
| 51 | 小天鹅 | Cygnus columbianus | 近危(NT) | ||
| 52 | 鸳鸯 | Aix galericulata | 近危(NT) | ||
| 53 | 黑冠鹃隼 | Aviceda leuphotes | 无危(LC) | ||
| 54 | 鸢 | Milvus Korschun | |||
| 55 | 苍鹰 | Accipiter gentilis | 近危(NT) | ||
| 56 | 赤腹鹰 | Accipiter soloensis | 无危(LC) | ||
| 57 | 雀鹰 | Accipiter nisus | 无危(LC) | ||
| 58 | 松雀鹰 | Accipiter virgatus | 无危(LC) | ||
| 59 | 普通鵟 | Buteo buteo | 无危(LC) | ||
| 60 | 灰脸鵟鹰 | Butastur indicus | 近危(NT) | ||
| 61 | 鹰鵰 | Spizaetus nipalensis 鹰雕 | 近危(NT) | ||
| 62 | 草原鵰 | Aquila nipalensis 草原雕 | 易危(VU) | ||
| 63 | 乌鵰 | Aquila clanga 乌雕 | 濒危(EN) | ||
| 64 | 林鵰 | Ictinaetus malayensis 林雕 | 易危(VU) | ||
| 65 | 白尾鹞 | Circus cyaneus | 近危(NT) | ||
| 66 | 鹗 | Pandion haliaetus | 近危(NT) | ||
| 67 | 小隼 | Microhierax caerulescens 红腿小隼 | 近危(NT) | ||
| 68 | 游隼 | Falco peregrinus | 近危(NT) | ||
| 69 | 燕隼 | Falco subbuteo | 无危(LC) | ||
| 70 | 红隼 | Falco tinnunculus | 无危(LC) | ||
| 71 | 白鹇 | Lophura nycthemera | 无危(LC) | ||
| 72 | 勺鸡 | 勺鸡Pucrasia macrolopha (巴基斯坦) | 附录三 | 无危(LC) | |
| 73 | 灰鹤 | Grus grus | 近危(NT) | ||
| 74 | 红翅绿鸠 | Treron sieboldii | 无危(LC) | ||
| 75 | 小鸦鹃 | Centropus bengalensis | 无危(LC) | ||
| 76 | 草鸮 | Tyto longimembris | DD | ||
| 77 | 黄嘴角鸮 | Otus spilocephalus | 近危(NT) | ||
| 78 | 红角鸮 | Otus sunia | 无危(LC) | ||
| 79 | 领角鸮 | Otus lettia | 无危(LC) | ||
| 80 | 领鸺鹠 | Glaucidium brodiei | 无危(LC) | ||
| 81 | 斑头鸺鹠 | Glaucidium cuculoides | 无危(LC) | ||
| 82 | 黄脚渔鸮 | Ketupa flavipes | 濒危(EN) | ||
| 83 | 鹰鸮 | Ninox scutulata | 近危(NT) | ||
| 84 | 褐林鸮 | Strix leptogrammica | 近危(NT) | ||
| 85 | 灰林鸮 | Strix aluco | 近危(NT) | ||
| 86 | 长耳鸮 | Asio otus | 无危(LC) | ||
| 87 | 短耳鸮 | Asio flammeus | 近危(NT) | ||
| 88 | 大鲵 | Andrias davidianus | 附录一 | 极危(CR) | |
| 89 | 虎纹蛙 | Hoplobatrachus chinensis | 濒危(EN) | ||
| 福建省重点保护动物36种 | 90 | 狐 | Vulpes | ||
| 91 | 黄腹鼬 | 黄腹鼬Mustela kathiah (印度) | 附录三 | 近危(NT) | |
| 92 | 黄鼬 | 黄鼬Mustela sibirica (印度) | 附录三 | 无危(LC) | |
| 93 | 食蟹獴 | 食蟹獴Herpestes urva (印度) | 附录三 | 近危(NT) | |
| 94 | 豹猫 | Prionailurus bengalensis | 附录二 | 易危(VU) | |
| 95 | 毛冠鹿 | Elaphodus cephalophus | 易危(VU) | ||
| 96 | 棕鼯鼠 | Petaurista petaurista | 易危(VU) | ||
| 97 | 小鸊鷉 | Tachybaptus ruficollis | 无危(LC) | ||
| 98 | 普通鸬鹚 | Phalacrocorax carbo | 无危(LC) | ||
| 99 | 苍鹭 | Ardea cinerea | 无危(LC) | ||
| 100 | 草鹭 | Ardea purpurea | 无危(LC) | ||
| 101 | 大白鹭 | Ardea alba | 无危(LC) | ||
| 102 | 白鹭 | Egretta garzetta | 无危(LC) | ||
| 103 | 中白鹭 | Egretta intermedia | 无危(LC) | ||
| 104 | 黄斑苇鳽 | Ixobrychus sinensis | 无危(LC) | ||
| 105 | 黑鳽 | Ixobrychus flavicollis | 易危(VU) | ||
| 106 | 豆雁 | Anser fabalis | 无危(LC) | ||
| 107 | 红胸秋沙鸭 | Mergus serrator | 无危(LC) | ||
| 108 | 普通秋沙鸭 | Mergus merganser | 无危(LC) | ||
| 109 | 白额山鹧鸪 | Arborophila gingica | |||
| 110 | 火斑鸠 | Streptopelia tranquebarica | 无危(LC) | ||
| 111 | 三宝鸟 | Eurystomus orientalis | 无危(LC) | ||
| 112 | 戴胜 | Upupa epops | 无危(LC) | ||
| 113 | 大拟啄木鸟 | Megalaima virens | 无危(LC) | ||
| 114 | 灰沙燕 | Riparia riparia | 无危(LC) | ||
| 115 | 家燕 | Hirundo rustica | 无危(LC) | ||
| 116 | 金腰燕 | Cecropis daurica | 无危(LC) | ||
| 117 | 毛脚燕 | Delichon urbicum | 无危(LC) | ||
| 118 | 黑枕黄鹂 | Oriolus chinensis | 无危(LC) | ||
| 119 | 喜鹊 | Pica pica | 无危(LC) | ||
| 120 | 画眉 | Garrulax canorus | 附录二 | 近危(NT) | |
| 121 | 寿带鸟 | Terpsiphone paradisi | 近危(NT) | ||
| 122 | 滑鼠蛇 | Ptyas mucosus | 附录二 | 濒危(EN) | |
| 123 | 眼镜蛇 | Naja naja | 附录二 | ||
| 124 | 眼镜王蛇 | Ophiophagus hannah | 附录二 | 濒危(EN) | |
| 125 | 黑斑蛙 | Pelophylax nigromaculatus | 近危(NT) |